14 Temmuz 1942 günü, Donanma Komutanlığı’ndan istenen gemi, yeni cihazların kontrolü maksadıyla saat 14:30’da Çanakkale Mortu Koyu’nda, Binbaşı Sadi Gürcan komutasında dalış esnasında mayına çarpma sebebi ile su yüzüne çıkamamıştır.
Geminin dönmeyişi üzerine deniz komutanı ile ihbar istasyonu komutanı tarafından 3 ve 5 no’lu motorlarla arama yapılmıştır. Dalıştayken batan ve can kaybına neden olan ilk Türk denizaltısıdır.
Denizcilik tarihine Atılay faciası olarak geçen bu olayda 38 denizcimiz hayatını kaybetmiştir. Şehitler arasında, meşhur ses sanatçısı Hamiyet Yüceses’in ilk eşi, astsubay Fethi Yüceses de bulunmaktadır. Kumanya almak üzere Nara Burnu’ndan sahile çıkan Amasra’lı Ahmet Bağdat adlı bir er, bu faciadan hayatta kalan tek kişi olmuştur.